Nama klub yang dicetak tebal, lolos ke babak selanjutnya Liga eropa musim 2016/2017. Undian babak perempat final pada Jumat petang nanti. Undian akan dilakukan setelah undian Liga Champions untuk babak yang sama.
Manchester United 1-0 Rostov
Keterangan: Gol tunggal United dicetak Juan Mata pada menit ke-70. MU lolos ke babak perempat final dengan agregat 2-1.
Roma 2-1 Lyon
Keterangan: Gol Roma oleh Kevin Strootman(17) dan bunuh diri Lucas Tousart (60). Gol Lyon oleh Mouctar Diakhaby (16). Lyon lolos ke perempat final dengan skor agregat 5-4.
Ajax 2-0 Koebenhavn
Keterangan: Gol Ajax oleh Bertrand Traore (23) dan Kasper Dolberg (45, penalti). Ajax lolos dengan agregat 3-2.
Krasnodar 0-2 Celta Vigo
Keterangan: Gol Vigo oleh Hugo Mallo (52) dan Iago Aspas (80). Vigo lolos dengan agregat 4-1.
Borussia Moenchengladbach 2-2 Schalke 04
Keterangan: Skor total 3-3, Schalke lolos berkat gol tandang.
Besiktas 4-1 Olympiacos
Keterangan: Besiktas lolos dengan agregat 5-2.
Genk 1-1 Gent
Keterangan: Genk lolos dengan agregat 6-3.
Anderlecht 1-0 APOEL Nicosia
Keterangan: Anderlecht lolos dengan skor total 2-0.
